舞台はシュ永ﾃﾞ琳宮国

2030年に、日本の南方、小笠原諸島近辺に、海底火山の活動により突如出現した芥ラくしあ島。この島の住民は、2049年にシュ永ﾃﾞ琳宮国として日本から独立した。科学技術を国の柱とし、昆虫憲法を制定し、昆虫を基軸とした産業を展開して生活し、昆虫食も毎日のように食べているこの島の住民たち。その生活は蟲医者によって支えられていた。ところが、虫を嫌い、殺すことを目的に活動する敵対勢力、『虫殺し』も存在しており、島の安全な生活を脅かすようになっていた。蟲医者として活動する霧祓治虫、隙間風新、そして春樹瞳たちは、虫を治療する中で、虫殺しとの対決のヒントを見つけていく。